Namun sejalan dengan semakin kuatnya animo masyarakat sekitar Pondok Pesantren dan wali santri untuk mengembangkan dan meningkatkan tarap pendidikan di Pondok Pesantren, maka secara bertahap, perlahan namun pasti terjadi perobahan dan penambahan dalam hal program-program pendidikan yang di canangkan untuk para siswa dan santri yang dari waktu ke waktu semakin bertambah banyak dan meningkat jumlahnya. Dan pada tahun 2006 seluruh kegiatan Pondok Pesantren di buat dalam bentuk payung hukum dengan didirikannya YAYASAN PENDIDIKAN ISLAM KEBON KELAPA AL-MA’RIFAH dengan lokasi yang sama dengan lokasi Pondok Pesantren Al-Ma’rifah.
Program pendidikan pemerintah yang pertama kali di terapkan di Pondok Pesantren Al-Ma’rifah ini adalah Madrasah Diniyah Awaliyah (MDA), yang secara resmi berdiri tahun 2005, dan di ikuti oleh Raudhatul Atfhal (RA), Taman Pendidikan Al-Qur’an (TPQ), Taklimul Qur’an Lil Aulad (TQA) Sekolah luar biasa(SLB), Madrasah Ibtidaiyah (MI), Madrasah Tsanawiyah (MTS) & SMK Al-Ma’rifah Tahun demi tahun Yayasan Pondok Pesantren Kebon Kelapa Al-Ma’rifah terus menerus meningkatkan mutu pendidikan, seiring dengan minat orang tua untuk menyekolahkan atau mendaftarkan putra-putrinya di Yayasan Pondok Pesantren Kebon Kelapa Al-Ma’rifah.